Rémunération congé longue maladie : FPT

Un agent territorial touché par une maladie grave se retrouve souvent face à un maquis administratif qu’il faut débroussailler sans attendre. Le congé de longue maladie (CLM) dans la fonction publique territoriale offre une protection solide : jusqu’à 3 ans de couverture, avec une rémunération qui évolue selon les phases du congé. Depuis le 1er septembre 2024, de nouvelles règles encadrent le maintien du régime indemnitaire. Cet article passe en revue les conditions d’attribution du CLM, la structure de la rémunération, les effets sur la carrière, les obligations de l’agent et les perspectives en fin de congé.

Conditions d’octroi et modalités d’attribution du CLM dans la FPT

Seul le fonctionnaire titulaire en activité ou en détachement peut prétendre au CLM. L’arrêté du 14 mars 1986 dresse une liste indicative des affections ouvrant ce droit, mais elle n’est pas limitative. D’autres pathologies peuvent être reconnues sur avis du conseil médical, à condition qu’elles rendent impossible l’exercice des fonctions, exigent des soins prolongés et présentent un caractère invalidant et une gravité confirmée.

Pour enclencher la procédure, l’agent remet un certificat médical établi par son médecin traitant, qui constate l’impossibilité d’exercer et la nécessité d’un traitement prolongé — sans mentionner le diagnostic. La saisine du conseil médical est obligatoire pour l’octroi et le renouvellement du CLM. Le congé est attribué par périodes de 3 à 6 mois.

L’autorité territoriale peut aussi placer l’agent d’office en CLM si son comportement lié à son état de santé compromet la bonne marche du service, sur attestation médicale ou rapport des supérieurs hiérarchiques. La procédure reste rigoureusement encadrée — l’agent est informé au moins 10 jours ouvrés avant la réunion du conseil médical et dispose du droit de consulter son dossier, de présenter des observations et d’être accompagné.

Rémunération pendant le congé de longue maladie dans la FPT

Structure du traitement sur les 3 ans

La mécanique de la rémunération s’articule en deux temps bien distincts. Pendant la première année (360 jours), l’agent perçoit le plein traitement. Les 720 jours suivants — soit les deuxième et troisième années — passent au demi-traitement. Exception notable : quand l’affection est imputable au service, le plein traitement s’applique sur les 3 ans entiers.

Rémunération pendant le CLM — FPT

Période	Durée	Traitement indiciaire	Régime indemnitaire (depuis sept. 2024)
Première année	360 jours	Plein traitement	33 %
Deuxième et troisième années	720 jours	Demi-traitement	60 %
Affection imputable au service	3 ans (1 080 jours)	Plein traitement	Selon délibération

Primes, indemnités et compléments de rémunération

L’indemnité de résidence et le supplément familial de traitement (SFT) restent versés intégralement pendant toute la durée du CLM. La nouvelle bonification indiciaire (NBI) est maintenue dans les mêmes proportions que le traitement indiciaire, tant que l’agent n’est pas remplacé dans ses fonctions.

Depuis le 1er septembre 2024, le régime indemnitaire bénéficie d’un maintien partiel : 33 % la première année, 60 % les deux suivantes pour la fonction publique d’État. Les collectivités territoriales peuvent transposer ces règles après avis du comité social territorial, dans la limite des dispositions prévues pour la FPE — conformément à l’article L.714-4 du Code Général de la Fonction Publique et aux enseignements de l’arrêt Conseil d’État du 4 juillet 2024 (n° 462452). Pour qui s’intéresse aux mécanismes de rémunération dans d’autres secteurs comme la banque, la comparaison illustre bien la diversité des régimes indemnitaires selon les statuts.

Effets du congé de longue maladie sur la carrière de l’agent territorial

Bonne nouvelle sur le front de la carrière : le temps passé en CLM ne freine ni les droits à avancement d’échelon et de grade, ni la promotion interne. Les périodes de congé longue maladie comptent dans la constitution du droit et la liquidation de la pension CNRACL, dans la limite de 5 ans.

Pour un départ anticipé en retraite pour carrière longue, les congés de maladie sont pris en compte dans la limite de 4 trimestres. En revanche, les périodes en CLM n’ouvrent aucun droit aux RTT. Les congés annuels non utilisés en raison du CLM peuvent faire l’objet d’un report partiel.

Plusieurs types de congés restent totalement indépendants du CLM :

• Congés de maternité, de paternité et d’adoption
• Congé de formation professionnelle et bilan de compétences
• Congé de solidarité familiale et congé de proche aidant
• Congé pour validation des acquis de l’expérience
• Congé de formation syndicale et congé de citoyenneté

Obligations de l’agent territorial pendant le congé de longue maladie

Être en CLM n’est pas une position passive. L’agent doit cesser tout travail rémunéré, sauf activités ordonnées et contrôlées médicalement dans le cadre d’une réadaptation. Il lui incombe aussi d’informer son administration de tout changement de résidence et de signaler toute absence du domicile dépassant 2 semaines — hospitalisation exceptée — en précisant dates et lieux de séjour.

L’autorité territoriale fait procéder à un examen médical par un médecin agréé au moins une fois par an. Ce médecin figure sur une liste établie par le préfet, sur proposition de l’Agence régionale de santé et avis du Conseil départemental de l’ordre des médecins.

Le non-respect de ces obligations entraîne la suspension du versement de la rémunération jusqu’au rétablissement de la situation. La période d’interruption continue néanmoins de s’imputer sur la durée du CLM. Refuser un examen médical produit le même effet : cessation immédiate du versement.

Situation de l’agent territorial à l’issue du congé de longue maladie

Reprise des fonctions et mi-temps thérapeutique

La reprise nécessite un certificat médical d’aptitude. Elle peut s’effectuer à mi-temps thérapeutique avec adaptation du poste si l’état de santé le requiert. Si l’agent refuse sans motif valable le poste proposé, un licenciement peut être prononcé après avis de la commission administrative paritaire.

Inaptitude temporaire et disponibilité d’office

Quand l’inaptitude est temporaire, l’agent bascule en disponibilité d’office, avec une indemnité égale au traitement indiciaire et aux primes perçus en fin de CLM. Cette situation dure jusqu’à la décision de reprise, de reclassement ou d’admission à la retraite.

Droit d’option vers le congé de longue durée

Après un an de CLM, l’agent atteint d’une affection listée — cancer, tuberculose, maladie mentale, poliomyélite ou déficit immunitaire grave et acquis — peut opter pour un congé de longue durée (CLD). Ce choix est irrévocable. Le CLD couvre 5 ans par groupe d’affections : 1 080 jours à plein traitement puis 720 jours à demi-traitement. Les primes restent en revanche suspendues pendant le CLD.

CLM vs CLD — comparatif des durées et traitements

Dispositif	Durée totale	Plein traitement	Demi-traitement
CLM	3 ans	1 an (360 jours)	2 ans (720 jours)
CLD	5 ans	3 ans (1 080 jours)	2 ans (720 jours)

Reclassement et retraite pour invalidité

L’agent peut bénéficier d’une période de préparation au reclassement, incluant formation professionnelle ou bilan de compétences, sur avis favorable du conseil médical. Un reclassement direct sur un emploi compatible avec les conditions de santé reste possible. En cas d’inaptitude définitive à tout emploi, l’admission à la retraite pour invalidité intervient quel que soit l’âge et le nombre de trimestres, après avis du conseil médical et acceptation de la CNRACL.

Les affections comme l’hémodialyse ou la chimiothérapie peuvent justifier un CLM fractionné, accordé par journée ou demi-journée sur une période de référence de 4 ans. Concrètement, un agent sous chimiothérapie à Marseille peut maintenir une présence partielle au travail tout en préservant ses droits. Voilà un levier méconnu qui mérite d’être visité avec la DRH dès l’annonce du diagnostic.

1. Demander un CLM fractionné auprès de l’autorité territoriale avec attestation médicale
2. Saisir le conseil médical pour validation
3. Définir le calendrier des soins périodiques avec le médecin traitant
4. Informer régulièrement les services du personnel de toute évolution
5. Anticiper le droit d’option vers le CLD si la pathologie évolue défavorablement